MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2/434/Bu(i) plasmid pL2/434/Bu(i)

Total Repeats: 128

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021051	T	6	6	476	481	0 %	100 %	0 %	0 %	482545079
2	NC_021051	AAT	2	6	530	535	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482545079
3	NC_021051	TTG	2	6	553	558	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482545079
4	NC_021051	T	6	6	670	675	0 %	100 %	0 %	0 %	482545079
5	NC_021051	TAA	2	6	693	698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482545079
6	NC_021051	GTTT	2	8	805	812	0 %	75 %	25 %	0 %	482545080
7	NC_021051	A	6	6	827	832	100 %	0 %	0 %	0 %	482545080
8	NC_021051	TAA	2	6	957	962	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482545080
9	NC_021051	TGA	2	6	997	1002	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482545080
10	NC_021051	AAC	2	6	1057	1062	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482545080
11	NC_021051	GCC	2	6	1063	1068	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482545080
12	NC_021051	AAT	2	6	1084	1089	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482545080
13	NC_021051	CTG	2	6	1092	1097	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482545080
14	NC_021051	TCC	2	6	1156	1161	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	482545080
15	NC_021051	TAA	2	6	1162	1167	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482545080
16	NC_021051	TTA	2	6	1211	1216	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	482545080
17	NC_021051	GTT	2	6	1228	1233	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482545080
18	NC_021051	CAA	2	6	1243	1248	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482545080
19	NC_021051	TGT	2	6	1264	1269	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482545080
20	NC_021051	CAA	2	6	1302	1307	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482545080
21	NC_021051	CCA	2	6	1322	1327	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	482545080
22	NC_021051	ATT	2	6	1414	1419	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	482545080
23	NC_021051	TGT	2	6	1477	1482	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482545080
24	NC_021051	ATT	2	6	1490	1495	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	482545080
25	NC_021051	ATTA	2	8	1654	1661	50 %	50 %	0 %	0 %	482545081
26	NC_021051	TTC	2	6	1712	1717	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545081
27	NC_021051	TTTA	2	8	1727	1734	25 %	75 %	0 %	0 %	482545081
28	NC_021051	T	6	6	1748	1753	0 %	100 %	0 %	0 %	482545081
29	NC_021051	AG	3	6	1754	1759	50 %	0 %	50 %	0 %	482545081
30	NC_021051	AGA	2	6	1763	1768	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482545081
31	NC_021051	TCT	2	6	1790	1795	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545081
32	NC_021051	AACC	2	8	1800	1807	50 %	0 %	0 %	50 %	482545081
33	NC_021051	T	7	7	1852	1858	0 %	100 %	0 %	0 %	482545081
34	NC_021051	AT	3	6	1896	1901	50 %	50 %	0 %	0 %	482545081
35	NC_021051	TAACGT	2	12	1912	1923	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482545081
36	NC_021051	GCT	2	6	1983	1988	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482545081
37	NC_021051	TCTATA	2	12	2175	2186	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	482545081
38	NC_021051	TTC	2	6	2189	2194	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545081
39	NC_021051	CTA	2	6	2257	2262	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482545081
40	NC_021051	CTT	2	6	2353	2358	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545081
41	NC_021051	ATCC	2	8	2451	2458	25 %	25 %	0 %	50 %	482545081
42	NC_021051	AAC	2	6	2492	2497	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482545081
43	NC_021051	GCT	2	6	2547	2552	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482545081
44	NC_021051	GAAA	2	8	2571	2578	75 %	0 %	25 %	0 %	482545081
45	NC_021051	TCT	2	6	2648	2653	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545081
46	NC_021051	TGA	2	6	2689	2694	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482545081
47	NC_021051	T	6	6	2722	2727	0 %	100 %	0 %	0 %	482545082
48	NC_021051	AGA	2	6	2821	2826	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482545082
49	NC_021051	TTCC	2	8	2830	2837	0 %	50 %	0 %	50 %	482545082
50	NC_021051	AAAC	2	8	2951	2958	75 %	0 %	0 %	25 %	482545082
51	NC_021051	AT	3	6	3003	3008	50 %	50 %	0 %	0 %	482545082
52	NC_021051	TCT	2	6	3089	3094	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545082
53	NC_021051	ATTAA	2	10	3122	3131	60 %	40 %	0 %	0 %	482545082
54	NC_021051	CTT	2	6	3189	3194	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545082
55	NC_021051	AAT	2	6	3203	3208	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482545082
56	NC_021051	TCT	2	6	3209	3214	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545082
57	NC_021051	AG	3	6	3217	3222	50 %	0 %	50 %	0 %	482545082
58	NC_021051	AAT	2	6	3268	3273	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482545082
59	NC_021051	CAA	2	6	3279	3284	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482545082
60	NC_021051	GCT	2	6	3395	3400	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482545082
61	NC_021051	ATC	2	6	3439	3444	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482545082
62	NC_021051	AAAG	2	8	3475	3482	75 %	0 %	25 %	0 %	482545082
63	NC_021051	T	8	8	3513	3520	0 %	100 %	0 %	0 %	482545082
64	NC_021051	AT	3	6	3555	3560	50 %	50 %	0 %	0 %	482545082
65	NC_021051	TTC	2	6	3718	3723	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545082
66	NC_021051	AC	3	6	3730	3735	50 %	0 %	0 %	50 %	482545082
67	NC_021051	ATC	2	6	3742	3747	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482545082
68	NC_021051	CAT	2	6	3795	3800	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482545082
69	NC_021051	ACG	2	6	3841	3846	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482545082
70	NC_021051	ATG	2	6	3931	3936	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482545082
71	NC_021051	AAC	2	6	4013	4018	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482545082
72	NC_021051	GCA	2	6	4190	4195	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482545083
73	NC_021051	TTA	2	6	4297	4302	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	482545083
74	NC_021051	CAA	2	6	4322	4327	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482545083
75	NC_021051	T	6	6	4355	4360	0 %	100 %	0 %	0 %	482545083
76	NC_021051	A	6	6	4449	4454	100 %	0 %	0 %	0 %	482545083
77	NC_021051	CTT	2	6	4471	4476	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545083
78	NC_021051	AGC	2	6	4502	4507	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482545083
79	NC_021051	T	6	6	4599	4604	0 %	100 %	0 %	0 %	482545083
80	NC_021051	TCCT	2	8	4656	4663	0 %	50 %	0 %	50 %	482545083
81	NC_021051	A	8	8	4673	4680	100 %	0 %	0 %	0 %	482545083
82	NC_021051	AGG	2	6	4721	4726	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	482545083
83	NC_021051	CTC	2	6	4733	4738	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	482545083
84	NC_021051	CAA	2	6	4776	4781	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482545083
85	NC_021051	TTTC	2	8	4789	4796	0 %	75 %	0 %	25 %	482545083
86	NC_021051	CAGA	2	8	4815	4822	50 %	0 %	25 %	25 %	482545083
87	NC_021051	ATT	2	6	4830	4835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	482545083
88	NC_021051	TGG	2	6	4924	4929	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482545083
89	NC_021051	TC	3	6	4954	4959	0 %	50 %	0 %	50 %	482545083
90	NC_021051	GAT	2	6	5093	5098	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482545083
91	NC_021051	TCT	2	6	5115	5120	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545083
92	NC_021051	AGA	2	6	5140	5145	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482545083
93	NC_021051	T	9	9	5377	5385	0 %	100 %	0 %	0 %	482545084
94	NC_021051	TTG	2	6	5433	5438	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482545084
95	NC_021051	CTC	2	6	5503	5508	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	482545084
96	NC_021051	T	7	7	5559	5565	0 %	100 %	0 %	0 %	482545084
97	NC_021051	A	6	6	5593	5598	100 %	0 %	0 %	0 %	482545084
98	NC_021051	CAAT	2	8	5652	5659	50 %	25 %	0 %	25 %	482545084
99	NC_021051	A	8	8	5704	5711	100 %	0 %	0 %	0 %	482545084
100	NC_021051	A	6	6	5764	5769	100 %	0 %	0 %	0 %	482545084
101	NC_021051	AT	3	6	5810	5815	50 %	50 %	0 %	0 %	482545084
102	NC_021051	T	6	6	6029	6034	0 %	100 %	0 %	0 %	482545084
103	NC_021051	AAC	2	6	6092	6097	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482545084
104	NC_021051	TGT	2	6	6389	6394	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482545085
105	NC_021051	AGA	2	6	6395	6400	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482545085
106	NC_021051	AGG	2	6	6411	6416	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	482545085
107	NC_021051	ATG	2	6	6437	6442	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482545085
108	NC_021051	TTC	2	6	6479	6484	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545085
109	NC_021051	TATC	2	8	6498	6505	25 %	50 %	0 %	25 %	482545085
110	NC_021051	GAAG	2	8	6533	6540	50 %	0 %	50 %	0 %	482545085
111	NC_021051	AT	3	6	6641	6646	50 %	50 %	0 %	0 %	482545085
112	NC_021051	TTGG	2	8	6688	6695	0 %	50 %	50 %	0 %	482545085
113	NC_021051	AGA	2	6	6739	6744	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482545085
114	NC_021051	AACT	2	8	6757	6764	50 %	25 %	0 %	25 %	482545085
115	NC_021051	GTT	2	6	6782	6787	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482545085
116	NC_021051	GAG	2	6	6788	6793	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	482545085
117	NC_021051	T	6	6	6831	6836	0 %	100 %	0 %	0 %	482545085
118	NC_021051	AAG	2	6	6844	6849	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482545085
119	NC_021051	TCT	2	6	6908	6913	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545085
120	NC_021051	TTC	2	6	6922	6927	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545085
121	NC_021051	AAT	2	6	6956	6961	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482545085
122	NC_021051	GGAA	2	8	7015	7022	50 %	0 %	50 %	0 %	482545085
123	NC_021051	TCT	2	6	7026	7031	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545085
124	NC_021051	AAG	2	6	7041	7046	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482545085
125	NC_021051	T	8	8	7058	7065	0 %	100 %	0 %	0 %	482545085
126	NC_021051	A	6	6	7066	7071	100 %	0 %	0 %	0 %	482545085
127	NC_021051	CTT	2	6	7080	7085	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545085
128	NC_021051	T	7	7	7084	7090	0 %	100 %	0 %	0 %	482545085

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.